paulkuo.tw · オープン学習ツール
AlphaFold 学習センター
テーマ 01 · サルコペニアネットワーク テーマは順次追加予定
学びながら実践する AlphaFold の学習空間。30 日計画に沿って進み、タンパク質を一つ理解するごとに、サイト上に生きた構造カードを一枚残す：構造は公開データベースから即時取得し、pLDDT の信頼度で配色し、どれが既知の事実でどれがモデル予測にすぎないかを明確に区別する。学んだタンパク質は永久に保存され、蓄積し続ける。同じ流れで先に進むこともできるし、すでに整理済みの構造をそのまま閲覧することもできる。
インタラクティブ学習センター出発課題：Myostatin / ActRIIB / Follistatin柔軟に進行
既知の事実実験またはデータベースで検証可能
モデル予測AlphaFold が与える構造仮説
妥当な推論前二者から導かれ、未証明
検証待ちの仮説実験による確認が必要
各マスの産出物は、上のどの層に位置するかを明確に示す必要がある。これは計画全体のコア原則であり、サイト上の各カードの固定欄でもある。
00
任意のタンパク質を即時検索
名称・遺伝子・UniProt 番号を入力 · 即座に基本構造カードを生成データは UniProt と AlphaFold DB から即時取得する。即時検索カードは公開事実とモデル予測のみを列挙し、人手によるキュレーションは経ていない。
01
30 日間フレキシブルトラッカー
チェックと目標はローカルブラウザに保存 · スキップ可 · 目標はカスタマイズ可能 0% 0 / 30
02
タンパク質の本棚
学んだものはここに残る · 今後も追加し続けられる03
生きた構造カード · Myostatin
3D 構造は AlphaFold DB から即時取得 · pLDDT で配色pLDDT 信頼度
非常に高い > 90
信頼できる 70–90
やや低い 50–70
非常に低い < 50（多くは天然変性領域）
AlphaFold DB から AF-O14793-F1 を読み込み中…
各構造カードは PDB 実験構造と比較でき、下方の相互作用ネットワークと上方のタンパク質の本棚につながる。
04
コア概念チートシート
クリックで定義を表示 · サイト上の ConceptExplainer に対応05
サルコペニアのタンパク質ネットワーク
Myostatin は構築済み · その他は構築待ちノード 相互作用 / シグナル 抑制 ノードをクリック：塗りつぶし＝カード作成済み、破線の円＝作成待ち
06
仮説テンプレート
第 3 週の産出用 · 事実と推論を強制的に区別させる既知の証拠UniProt / PDB / 文献で検証可能な部分
構造の観察AlphaFold 構造から何が見えるか（pLDDT / PAE の判読を含む）
妥当な推論上記から導かれるが、未証明の考え
検証が必要どの段階に実験または構造の証拠が欠けているか
実行可能な実験研究者に具体的に提案できる検証方法
このツールはこう育つ：進捗とノートは今後アカウントに紐づき、デバイス間で同期する；各構造カードはサイト上のナレッジ星図につながり、タンパク質の本棚は学んだ課題とともに蓄積し続ける；さらに対象タンパク質の最新論文を自動で追跡し、内容と研究を同期して更新する。
構造データ：AlphaFold DB（EMBL-EBI／DeepMind、CC BY 4.0）· UniProt（CC BY 4.0）· PDB。AlphaFold が提供するのは構造仮説であり、実験的証拠と同等ではない。